Os jogos de volta da terceira fase da Copa do Brasil 2025 aconteceram entre os dias 20 e 22 de maio. Muitos confrontos foram emocionantes, com algumas zebras e goleadas, definindo os 16 times que avançaram para as oitavas de final. Os jogos estão previstos para o final de julho e início de agosto, após a disputa do Mundial de Clubes. Os confrontos serão definidos por sorteio, e nele, todos os clubes estarão no mesmo pote, podendo proporcionar grandes duelos já na próxima fase.

Destaques dos jogos de volta:

Goleadas e classificações tranquilas:

- O Red Bull Bragantino goleou o Criciúma por 6 a 0, revertendo a derrota na ida por 1 a 0 e avançando.
- O Bahia aplicou 4 a 0 no Paysandu, confirmando sua superioridade.
- O Atlético-MG também goleou o Maringá por 4 a 0, garantindo a vaga, após empate na ida em 2 a 2.
- O Flamengo venceu o Botafogo-PB por 4 a 2, com tranquilidade.
- O Fluminense fez 4 a 1 na Aparecidense, após uma vitória apertada na ida por 1 a 0.
- O Cruzeiro venceu o Vila Nova por 3 a 0, confirmando a classificação, já que havia ganho em casa por 2 a 0.
- O Palmeiras passou pelo Ceará com uma vitória de 3 a 0 em casa, após ter ganho fora por 1 a 0.
- O Internacional venceu o Maracanã por 3 a 0, com direito a quatro pênaltis perdidos pelo Colorado nos 180 minutos.

Pênaltis e emoção:

- Vasco da Gama e Operário-PR empataram novamente em 1 a 1, e o Vasco avançou nos pênaltis por 7 a 6.
- CRB eliminou o Santos nos pênaltis por 5 a 4, após dois empates em 0 a 0 e 1 a 1.

Classificações apertadas e zebras:

- O Grêmio empatou em 0 a 0 com o CSA e foi eliminado, pois perdeu na ida por 3 a 2, sendo uma das principais zebras da fase.
- O Fortaleza foi eliminado pelo Retrô nos pênaltis por 4 a 1, após empate em 1 a 1 no tempo normal.
- O Botafogo perdeu para o Capital-DF por 1 a 0, mas avançou pelo placar agregado, já que havia goleado na ida por 4 a 0.
- Athletico-PR venceu o Brusque por 1 a 0, após empate sem gols na ida.
- Corinthians venceu o Novorizontino por 1 a 0, confirmando a vitória da ida pelo mesmo placar.
- O São Paulo venceu novamente o Náutico por 2 a 1, garantindo a vaga, com destaque para Luciano, que fez 3 dos 4 gols da eliminatória.

Times classificados para as oitavas de final:

- Vasco da Gama
- Athletico/PR
- São Paulo
- CSA
- Retrô
- Fluminense
- Bahia
- Flamengo
- Atlético/MG
- Corinthians
- Internacional
- Cruzeiro
- Palmeiras
- Botafogo
- Red Bull Bragantino
- CRB